高速乗合バスが運行する全路線は、事前に認可を受けた通行できる道路でなければいけません。
そのため、新しい停留所を設置し路線を延伸したり、高速道路の開通により利便が良い路線に変更する場合などは、認可が必要になるということです。極端な話ですが、少しでも新しい路線を運行するのであれば認可を受けなければいけないということです。

路線の認可を受ける際の申請書類内には、その路線を運行する車両の最大値（長さ、幅、高さ、総重量）を記載します。認可を受けた路線は、この最大値内の車両しか運行ができません。もし認可路線の最大値を超える車両を導入して運行する場合は、再度認可申請をする必要があります。

東京駅10番乗場から東京駅12番乗場などの名称変更や駅ロータリー内での停留所の位置変更（位置変更に伴う停留所間のキロ程含む）などが該当します。
停留所の位置変更に伴い路線の新設が発生する場合は、認可申請が必要になるので注意しましょう。

運行することがなくなった路線は、休止又は廃止をしなければいけません。例えば東京から仙台までの便が長期間運休の場合は休止、今後も全く運行しないのであれば廃止の届出をする必要があります。

認可を受けている路線内で実際に運行する経路（運行系統）などを設定しなければいけません。
そのため運行系統、時間帯ごとの運行回数、始終発の時刻の設定（時間帯ごとの運行回数15回以下の場合は、加えて運行時刻の設定）又はその変更をする場合は、届出が必要になります。

高速乗合バスの運賃は、軽微運賃に該当します。
新たな運行系統を設定した場合や、すでに設定した運賃等を変更する場合に届出が必要となります。